국가연구개발성과
논문 (학술지)
Estimates of inbreeding and effective population size in Korean goat populations using whole genome sequence data
| 등록번호 | - | SCI 구분
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※구분 : SCI(SCIE포함), 비SCI |
비SCI |
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| 저자명 (주·공동저자) | 메다트마흐무드; 최유림; 이경태 ; 최재관; 박병호; 이승수; 박미나; 최연호; 당창권; 장혁기; 아람마부; 이석현 ※ 과제 참여정보와 일치하는 연구자 상세정보로 정확하지 않을 수 있습니다. 동일저자 논문보기 |
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| 논문구분 | 국내기타논문집 | 학술지명 | - |
| ISSN | 0000-0001 | 학술지 출판일자 | - |
| 학술지 볼륨번호 | 2(1) | 논문페이지 | 77 ~ 77 |
| 학술지 임팩트팩터 | 0.0 | 기여율 | 100 % |
| 초록 | In any isolated goat population, rate of inbreeding usually increased due to the use of limited number of bucks either by traditional mating or artificial insemination. Inbreeding depression and reducing genetic variability within the population are major threats of high rate of inbreeding. Animal pedigree was the main source of information to calculate the kinship matrices between animals. However, in some species like goat and sheep, the pedigree is not always available or not accurately constructed. The availability of SNP-chip genotyping platforms and whole genome sequencing in livestock offers a promising tool to calculate more accurate and precising relationship matrix within any livestock population. We used 50k SNP-chip and whole genome sequence data to compare the performance of the main two methods of estimating genomic inbreeding level (GRM-based inbreeding coefficient (FGRM), Runs of homozygosity (ROH)-based inbreeding coefficients (FROH) in different goat population. While FROH estimates are directly reflecting the level of homozygosity and un-biased by the allele frequencies, FGRM is highly depended on the allele frequencies which considered one disadvantage of FGRM. High correlation found between the FROH and FGRM estimates, which means that in the absence of whole‐genome sequence data 50k SNP-chip can be used to evaluate the homozygosity level in animals. However, whole‐genome sequence data are required to accurately detecting the large-sized ROH that usually identical by descent (IBD) | ||
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