논문 (학술지)
Development and Application of a Target Capture Sequencing SNP-genotyping Platform in Rice
등록번호 | - | SCI 구분
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※구분 : SCI(SCIE포함), 비SCI |
SCI |
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저자명 (주·공동저자) | 이채원; 원용재; 백정호; 김송림; 차영순; 신윤지; 김경윤; 정영민; 박용찬; 장훈; 오효자; 천경성; 조항철; 지현소 ※ 과제 참여정보와 일치하는 연구자 상세정보로 정확하지 않을 수 있습니다. 동일저자 논문보기 |
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논문구분 | 국외전문학술지 | 학술지명 | Genes |
ISSN | 2073-4425 | 학술지 출판일자 | 2022-04-28 |
학술지 볼륨번호 | 13(794) | 논문페이지 | 1 ~ 13 |
학술지 임팩트팩터 | 4.096 | 기여율 | 100 % |
DOI | 10.3390/genes13050794 | ||
초록 | The development of efficient, robust, and high-throughput SNP-genotyping platforms is pivotal for crop genetics and breeding. Recently, SNP-genotyping platforms based on target capture sequencing, which is very flexible in terms of the number of SNP markers, have been developed for maize, cassava, and fava bean. We aimed to develop a target capture sequencing SNP-genotyping platform for rice. A target capture sequencing panel containing 2565 SNPs, including 1225 SNPs informative for japonica and 1339 SNPs informative for indica, was developed. This platform was used in diversity analysis of 50 rice varieties. Of the 2565 SNP markers, 2341 (91.3%) produced useful polymorphic genotype data, enabling the production of a phylogenetic tree of the 50 varieties. The mean number of markers polymorphic between any two varieties was 854. The platform was used for QTL mapping of preharvest sprouting (PHS) resistance in an F8 recombinant inbred line population derived from the cross Odae × Joun . A genetic map comprising 475 markers was constructed, and two QTLs for PHS resistance were identified on chromosomes 4 and 11. This system is a powerful tool for rice genetics and breeding and will facilitate QTL studies and gene mapping, germplasm diversity analysis, and marker-assisted selection. |
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