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  • 대용량 유전자 시그너쳐 기반의 조절 네트워크, pathway 및 약물유전체 통합분석 시스템 개발
    (1711104408) 2020 포스트게놈신산업육성을위한다부처유전체사업(R&D)(과기정통부) 김선규 한국생명공학연구원 과학기술정보통신부 229000000 ( 229000000 ) 「연구개발성과」 : 논문(2) , 생명정보(15)

    전사체 시그너처 기반 약물저항성 탐색 데이터베이스인 CDRgator 개발 및 제공 (http://cdrgator.ewha.ac.kr; Molecules and Cells)Project Achilles, Allen Brain Atlas, Gene Ontology, Connectivity Map 등 주요 데이터베이스에서 새로운 유전자 세트 및 pathway 정보를 수집하여 업데이트 정상 및 암 조직 유전자 데이터베이스인 GENT2 논문 출간 및 공개(http://gent2.appex.kr/gent2; BMC Medical Genomics)전사체 유전자 세트 분석 방법인 GSA-Seq 논문 출간 및 공개(http://gsaseq.appex.kr/gsaseq, BMC Genomics)miRNA 타겟 예측 프로그램 및 웹 데이터베이스 논문 출간 및 공개(http://btool.org/bimr_dir/, Nuc Acids Res)본 연구진과 위탁과제 수행자인 울산과기원 연구진에 그 동안 개발했던 다양한 웹 서버 및 데이터베이스 서버들을 안내하는 통합 홈페이지를 구성하여 KOBIC에 제공

  • 대용량 유전자 시그너쳐 기반의 조절 네트워크, pathway 및 약물유전체 통합분석 시스템 개발
    (1711043786) 2016 포스트게놈신산업육성을위한다부처유전체(미래부) 김선영 한국생명공학연구원 미래창조과학부 208333000 ( 208333000 ) 「연구개발성과」 : 논문(5) , 생명정보(624)

    다양한 네트워크 및 pathway 정보 수집 및 데이터베이스화단백질 상호작용, 대사 및 신호전달 경로, 전사 조절 네트워크, 약물-유전자 연관성 데이터, 질병-유전자 연관성 데이터, 약물유전체 데이터 등 다양한 데이터마이닝 정보의 수집 및 그래프 DB 기반의 데이터베이스화대용량 유전자 발현 변화(시그너쳐) 구축 및 모듈 분석 알고리즘 개발(위탁과제)Human, mouse 등의 8개 주요 종에 대하여 RNA-seq 및 마이크로어레이 등 대량의 유전자 발현 변화(시그너쳐) 데이터를 수집전사조절 및 miRNA조절 네트워크 모듈, pathway, 약물유전체 등을 모두 분석할 수 있는 통합 알고리즘 개발웹 기반 혹은 standalone의 네트워크 및 pathway 통합 분석 시스템 구축사용자 편의성이 강화된 웹 기반 통합 분석 시스템 구축 및 서비스 제공다양한 네트워크 및 pathway 시각화 모듈 및 통계 분석 모듈 제공 통합지원과제와의 연계 시스템 구축KOBIC을 통한 분석 서비스 제공을 위한 연계 시스템 구축(분석 파이프라인 기탁)수요자 맞춤형 서비스 제공 및 공동/협력연구 체계 강화수요자의 다양한 요구에 따른 일대일 맞춤형 분석 서비스 제공

  • 대용량 유전자 시그너쳐 기반의 조절 네트워크, pathway 및 약물유전체 통합분석 시스템 개발
    (1711130875) 2021 다부처국가생명연구자원선진화사업(R&D) 김선규 한국생명공학연구원 과학기술정보통신부 250000000 ( 250000000 ) 「연구개발성과」 : 논문(2)

    ▶ L3 principle 기반 단백질 수준의 약제효능 타겟 발굴 도구 개발 ○ L3 principle 기반 약제-단백질 상호작용 설계 ○ L3 principle 기반 약제-단백질 상호작용 예측시스템 구현▶ 단일세포 전사체/후성체 데이터 분석 파이프라인 구축 ○ Single cell RNA-seq 파이프라인 구축 ○ Single cell ATAC-seq 파이프라인 구축 ○ Psuedo-multiomics data 분석 파이프라인 구축 - scRNA-seq 및 scATAC-seq 통합 분석▶ 효모 결손균주를 이용한 약물 작용점 분석용 전사체 데이터베이스 구축 ○ Barcode technology 데이터 분석을 위한 데이터베이스 및 분석 파이프라인을 구축▶ 정상 및 암 조직 유전자 발현 탐색 시스템(GENT2) 고도화 ○ GENT2 (http://gent2.appex.kr) 시스템 계속적 운영 및 고도화 ○ 65,000개 이상의 암 및 정상조직에서 유래한 유전자 발현 데이터를 정규화 ○ pan-cancer 수준에서의 유전자 발현 양상을 고속으로 검색 ○ 최근 월평균 접속자 수 1,500건을 상회

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