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  • 대장암 단일세포 전사체 기반 예후-치료예측 바이오마커 개발
    (1711065735) 2018 바이오.의료기술개발(R&D) 박웅양 삼성서울병원 과학기술정보통신부 1000000000 ( 1000000000 ) 「연구개발성과」 : 논문(2) , 특허(6) , 생명정보(196)

    1단계: 단일세포 수준 치료반응 예측 “종양이질성” 바이오마커 발굴다중유전체 분석대상 샘플 건 DNA 및 RNA 추출단일세포 전사체 분석 코호트: 대장암 4기 수술검체 KRAS negative 30례와 KRAS positive 30례를 대상으로 재발군과 비재발군을 1:1로 구성 환자별 2000개 이상의 단일세포 RNA 시퀀싱 수행과 전사체 정보 생산종양 단일세포 전사체 분석을 통해 활성화된 multiple signaling pathway 발굴과 signaling pathway heterogeneity index (SPHI) 부여 암미세환경을 구성하는 세포 조성 분석과 세포 타입별 유전자 발현 분석단일세포 전사체 분석데이터와 치료반응 그룹의 상관 분석을 통한 단일세포 수준 치료반응예측 “종양이질성” 바이오마커 발굴단일세포 전사체 데이터 접근과 분석 플랫폼을 연계한 웹사이트 구축과 공개2단계: 다중유전체 예후-치료반응예측 바이오마커의 검증과 DNA/RNA 패널 개발1단계에서 발굴한 다중유전체 바이오마커에 대한 단일세포 수준 전사체 네트워크 분석과 검증: 검증된 후보 패널 선정패널 제작과 패널 분석 파이프라인 개발패널성능 평가지표 설정: sequencing depth, quality score3단계: 대장암의 예후-치료반응예측 패널의 임상 유효성 검증패널 성능평가: 민감도, 특이도 평가임상-패널 데이터 통합 분석

  • 대장암 단일세포 전사체 기반 예후-치료예측 바이오마커 개발
    (1711156086) 2022 바이오의료기술개발 박웅양 삼성서울병원 과학기술정보통신부 1000000000 ( 1000000000 ) 「연구개발성과」 : 특허(2) , 생명정보(293) , 기술요약정보(1)

    2단계: 다중유전체 예후-치료반응예측 바이오마커의 검증과 DNA/RNA 패널 개발다중유전체 분석대상 샘플 건 DNA, RNA 추출 및 정보 생산 확장종양 단일세포 전사체 분석을 통한 종양세포 및 종양미세환경세포의 메커니즘 연구 및 네트워크 구죽단일세포 분석과 다중오믹스 데이터의 비교 및 통합분석단일세포 전사체 분석데이터와 치료반응 그룹의 상관 분석을 통한 단일세포 수준 치료반응예측 종양이질성 바이오마커 발굴 및 다중유전체 바이오마커에 대한 단일세포 수준 전사체 네트워크 분석과 검증: 검증된 후보 패널 선정 패널 제작과 패널 분석 파이프라인 개발패널성능 평가지표 설정: sequencing depth, quality score3단계: 대장암의 예후-치료반응예측 패널의 임상 유효성 검증패널 성능평가: 민감도, 특이도 평가임상-패널 데이터 통합 분석

  • 대장암 단일세포 전사체 기반 예후-치료예측 바이오마커 개발
    (1711055956) 2017 바이오.의료기술개발 박웅양 삼성서울병원 과학기술정보통신부 1000000000 ( 1000000000 ) 「연구개발성과」 : 생명정보(140)

    1단계: 단일세포 수준 치료반응 예측 “종양이질성” 바이오마커 발굴(총괄 지원) 다중유전체대상 샘플에대한 DNA-RNA 추출: 자동화 장비 사용단일세포 전사체 분석 코호트: 대장암 4기 수술검체 KRAS WT 30례와 KRAS Mutant 30례를 대상으로 재발군과 비재발군을 1:1로 구성 환자별 ~2000개의 단일세포 RNA 시퀀싱 수행과 전사체 정보 생산종양 단일세포 전사체 분석을 통해 활성화된 multiple signaling pathway 발굴과 signaling pathway heterogeneity index (SPHI) 부여 암미세환경을 구성하는 세포 조성 분석과 세포 타입별 유전자 발현 분석단일세포 전사체 분석데이터와 치료반응 그룹의 상관 분석을 통한 단일세포 수준 치료반응예측 “종양이질성” 바이오마커 발굴단일세포 전사체 데이터 접근과 분석 플랫폼을 연계한 웹사이트 구축과 공개2단계: 다중유전체 예후-치료반응예측 바이오마커의 검증과 DNA/RNA 패널 개발1단계에서 발굴한 다중유전체 바이오마커에 대한 단일세포 수준 전사체 네트워크 분석과 검증: 검증된 후보 패널 선정패널 제작과 패널 분석 파이프라인 개발패널성능 평가: 시퀀싱 depth, Quality score3단계: 대장암의 예후-치료반응예측 패널의 임상 유효성 검증패널 성능평가: 민감도, 특이도 평가임상-패널 데이터 통합 분석

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